对于农业源来说，水资源投入仍处于高位，直接带来了较大的排放量。2017年我国用水总量逾6040亿立方米，其中农业用水占比达62%；同时，还有6022万吨的化肥施用量和250万吨的农药使用量，这所造成的污染也是不能忽视的。
 
　　与此同时，生态环境部副部长赵英民提醒道，农业源对水污染物排放贡献比较大，而且不同于过去传统的集中排放，这一污染污染源很多是无组织排放或面源排放，还面临着治理难度大、监管难度大等挑战。
 
　　也有业内人士指出，农业面源污染治理将成为未来水污染防治的主要方向，并表示有机肥推广使用将有利于这一污染的防治。有机肥种出的农产品口感佳，而且可以阻止生态环境的恶化，提高环境质量。
 
　　对此，农业农村部长韩长赋在会议中指出，有机肥替代化肥是方向，提倡各地要把污染防治放在重要位置，要坚持源头防治，调整农业投入结构，减少化肥农药使用量，增加有机肥使用量。
 
　　但当前有机肥推广使用还缺乏激励政策，对比化肥，有机肥存在生产成本、销售成本、劳动力成本较高等问题。在这一方面的完善突破就是接下来农业污染防治的一大重点。